Tắc kè lùn quần đảo Virgin[4] được phát hiện vào mùa hè năm 1964 bởi nhà sinh học Richard Thomas khi ông đang trên một chuyến đi thu hoạch tại một sinh cảnh rừng khô ở sườn đồi thuộc đảo Virgin Gorda tại quần đảo Virgin thuộc Anh. Mẫu gốc của Sphaerodactylus parthenopion, MCZ 77211, là một con tắc kè cái bắt được vào ngày 12 tháng 8 năm 1964 tại sườn đồi ở trên vịnh Pond. Tổng cộng 8 paratype đã được thu thập trên đảo Virgin Gorda và chúng được dùng để nghiên cứu và tổng kết các đặc tính của loài sinh vật mới này.[5]

Loài này được phân vào chi Sphaerodactylus hay "tắc kè lùn" không chỉ vì kích thước tí hon mà còn vì màu sắc đặc trưng trên đỉnh đầu của chúng. Những chiếc vảy trên đầu chúng khá nhỏ nhưng có sống ở giữa vảy và xếp đè lên nhau ở mặt trên với cùng một màu đen tuyền. Đồng thời ở phần trung của mặt trên thì không có vảy dạng hột và không có những vệt màu ở vùng bả vai và vùng xương chậu, xương cùng.[6]

Mặc dù có khá nhiều khác biệt về đặc điểm hình dáng, S. parthenopion lại có thể là họ hàng gần nhất với loài tắc kè lùn S. nicholsi.[7] Giống như S. parthenopion, loài S. nicholsi cũng có kích cỡ rất nhỏ - thật vậy chúng là loài tắc kè lùn đặc hữu nhỏ nhất ở Puerto Rico.[8] Vùng phân bổ của một loài tắc kè lùn khác, S. townsendi nằm giữa và phân cách hai loài tắc kè lùn nói trên, điều này cho thấy có thể S. townsendi xuất hiện chỉ sau khi các loài S. parthenopion và S. nicholsi đã hình thành bởi quá trình tiến hóa phân hướng.[7]